平成１８年度税制改正で留保金課税の不適用措置が中小企業新事業活動促進法の承認企業のみに縮小されました。今までは、自己資本比率５０％以下及び設立の日を含む事業年度から設立の日以後１０年を経過する日を含む事業年度までについては留保金課税の不適用措置がありましたが、平成１８年度改正で当該２つの不適用措置がなくなりました。
従って、留保金課税を課される優良企業様は中小企業新事業活動促進法の承認を受けて留保金課税の不適用措置を受けることをお勧めします。
１．課税の対象となる方
株主等の1人及びその同族関係者等で、その持株割合等が50%超となる会社（以下「特定同族会社」といいます。）。
２．税額の計算における留保控除額
留保金課税の計算における留保控除額（下記注１参照）について、特定同族会社のうち資本金１億円以下の中小企業については、以下の（１）～（４）の金額
のうち、最も多い金額が控除されます（大企業の場合は、（１）～（３）の金額のうち、最も多い金額）。
（１）所得等の金額の50％（大企業の場合は40％）
（２）年2,000万円
（３）利益積立金額が資本金の額の25％に満たない場合におけるその満たない部分の金額に相当する金額
（４）自己資本比率が30％に満たない場合におけるその満たない金額に相当する
金額（自己資本には同族関係者からの借入金を含む）
（注１）「留保控除額」とは、以下の留保金課税の計算における控除額のことをいいます。
留保金課税＝
［所得等－（配当＋法人税等）－留保控除額］×税率
３．法律上の認定を受けた場合の不適用措置
青色申告書を提出する特定同族会社のうち、中小企業新事業活動促進法に基づき経営革新計画の承認を受けた中小企業は、留保金課税が不適用となります。
４．適用期間
(1)税額の計算における留保控除額
平成18年4月1日以後に開始する年度
(2)法律上の認定を受けた場合の不適用措置
平成17年4月13日以後、平成20年3月31日までに開始する年度
５．必要な手続き
上記４（２）については、中小企業新事業活動促進法に基づく経営革新計画の承認を受けた旨を証する書類等を添付したうえで最寄りの税務署に申告が必要。
